分子生物学软件GSL Biotech SnapGene

GSL Biotech SnapGene是一款专业的分子生物学软件，这款软件提供了设计引物，酶切位点，氨基酸翻译，密码子优化，序列当地或者网上blast比对等功能，还可以搜索和自概念feature和导入之前的所有引物，功能十分强大！

功能特点：

In|Fusion克隆：一种多功能，多功能的方法，可创建无边界基因连接。 SnapGene是第一个模拟这种办法的软件。仅需选择你想要混合的DNA片段，程序就会设计它。

GibsonAs百度竞价推广bly：很多研究职员正在将Gibson装配转换为质粒而不用限制酶。 DNA片段通过PCR连接以干扰。

PCR和诱变：引物设计后，它们可用于常规PCR克隆，共PCR扩增或诱变。得到的DNA序列文件可立即用于进一步操作。

自动文档：自动记录模拟项目中的步骤。每次编辑或模拟序列时，此办法都会自动记录在图形历史记录中。模拟DNA的结构后，你可以用历史作为实验策略。

琼脂糖凝胶电泳：用一流的算法创建逼真的琼脂糖模拟。有限部分以三种模拟凝胶格式，数字列表和序列图显示。你可以用此模拟凝胶来规划诊断约束或将图像与预测模式进行比较。

用步骤：

第一介绍Snapgene的主要界面：

最下方的视图栏：

（点击下方的图标按钮可以进行相互切换）

最上方的菜单栏：

对应的功能如下：

Map：显示图谱

Sequence：显示序列信息

File：打开、打造、保存有关文件等

Edit：编辑功能，包含复制选中一些序列等

View：切换几个视图等

Enzymes：显示、选择酶切位点等

Feature：显示、增加（命名）一些片段等

Primers：添加引物等Action：插入融合一些片段

Tool：模拟电泳、序列比对、查询DNA分子量、查看简并密码子、氨基酸等

然后大家介绍这个软件的四个视图：

视图1、Map

直接打开任一质粒图谱（以pUC57为例），点击Map按钮，得到如下界面：

：显示酶切位点。点击该按钮，得到如下界面。

：显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。点击该按钮，得到如下界面：

：显示ORF的片段大小、GC%值等一些信息。点击该按钮，得到如下界面：

视图2、Sequence

点击Sequence按钮，得到如下界面：

：显示编码的氨基酸序列。点击该按钮可以切换氨基酸的全名和缩写。

：点击该按钮，选择All6 frames，可以得到所以所有序列编码氨基酸的状况。

视图3、Enzymes

点击Enzymes按钮，得到如下界面，可以看到不同酶切位点在序列中地方：

视图4、Features

点击Features按钮，得到如下界面，显示一些常用元件（含元件的地方、大小、功能等信息）：

这次大家所讲的这类功能，主如果在最上方的菜单栏进行操作完成：

1、批量添加不一样的酶切位点

1.点击菜单栏Enzymes→ChooseEnzymes，可以有选择的显示不一样的酶切位点。

2.点击RemoveAll，清空右边的内切酶，在左边框内选择需要显示的内切酶进行添加。

2、对片段进行命名

1.在sequence视图,选中需要命名的序列，点击菜单栏Feature→Add Feature，弹出以下窗口：

Feature：给该片段命名。

Type：选择该片段的种类，点击右边箭头选择不一样的阅读方向。

Color：选择颜色。

3、给质粒图谱增加引物序列

1.点击菜单栏Edit→Find（或Ctrl+F），输入引物序列，找到质粒序列对应地方。

2.点击Primers→Addprimer，弹出该界面：

3.按上下游引物选择TopStrand还是BottomStrand，在Primer处可给该引物命名，随后即可显示该引物在图谱Map中的地方，也可以将常见的通用引物建到一个txt文档中，借助importprimer from a list 进行添加。

4、模拟标准限制性克隆

1.打开被插入片段的质粒图谱，选择适合的两个酶切位点，如xbal和EcoRV，点击菜单栏Actions→InsertFragment，点击xbal+Shift键+EcoRV。

2.点击Insert，在sourceof fragment处选择插入的目的片段来源。

3.点击上述同样的酶，给该重组质粒命名，点击clone。

5、模拟融合克隆

1.打开一个需要插入片段质粒图谱，点击菜单栏Actions→Insert One Fragments，弹出以下窗口：

2.切换到sequence视图，找到想要发生替换的位点。

3.点击Insert，在Source of Fragment处选择拼接或替换片段的另外一个质粒图谱。此时弹出另外一个质粒图谱图样。

4.点击用于替换的片段，察看该片段阅读方向与被替换质粒位点的方向是不是一致，如不同，点击更换方向。

5.选择后，点击Product，点击Choose Overlapping PCR Primers，此时即形成融合后的质粒图谱。

6、模拟电泳功能

1.点击菜单栏Tools→SimulateAgarose Gel，显示如下界面：

2.点击MW可以选择不一样的Marker,其中点击1.2.3.4……分别代表不一样的泳道，通过选择不一样的酶切位点，模拟每个泳道的电泳结果。

3.以第一泳道为例：点击选中line1，选择BanI、BfaI两个酶切位点，得到模拟电泳结果，如下图：

7、序列比对功能

1.打开一个原始待比对的序列片段，点击菜单栏Tool→Alignwith other Sequences或Alignwith Copied Sequences，如下图所示：

2.在当地文件中将需要比对的序列峰图全部选中，点击打开

3.得到如下比对结果，点击sequence可以看出每一个样品的碱基缺失状况：

点击箭头，查询峰图

相比于譬如BioXM、Seqman……，SnapeGene在序列比对功能上愈加智能，达成了同时比对多种序列和查询峰图等功能。

TAG标签：SnapGene(1)生物学(1)

转载请说明来源于谷普绿色软件（https://www.guixh.com）

本文地址：https://www.guixh.com/soft/12193.html

郑重声明：文章来源于网络作为参考，本站仅用于分享不存储任何下载资源,如果网站中图片和文字侵犯了您的版权，请联系我们处理！邮箱3450399331@qq.com